最初の会計基本情報で税抜きと課税対象を間違い選びました。2年間分の仕訳を入力後に基本情報を変えられませんか？

当期の仕訳や開始残高が未入力であれば「会計基本情報」画面より変更ができます。
仕訳や開始残高が入力済みでしたら以下の方法で変更ができます。

方法１

　次年度より変更した消費税情報で行う。

　「年次繰越」で「本更新」を行った後で仕訳がない場合、「会計基本情報」画面より変更ができます。

方法２
　当期分のみ仕訳データを以下の手順で変更することができます。

①「データ書き出し」で「弥生会計」を選択、当年度の仕訳をバックアップします。

②「会計基本情報」で「会計データを初期化する」ボタンをクリックし、
「会計データ初期化」画面で「仕訳データの初期化」を行い当年度の仕訳を削除します。

③「会計基本情報」で消費税情報を変更します。

④ ① でバックアップした仕訳を、データ読み込みにてインポートします。

方法３

　新しいIDを使う方法もありますが、過去のデータを参照する場合、IDを切り替えてのご利用になります。

※ 期末が近付いているのでしたら、方法１が宜しいかと思われます。