社会保険料が反映されるように登録してありますが、給与の明細にのってきません。

以下の確認をします。
「従業員設定」⇒「給与情報」の標準月額報酬表の等級を入力後に保険料が表示されます。
数字を確認しましたら一番下までスクロールし、［保存］ボタンをクリックします。
 
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