日々の記帳を元帳入力ではなく複合仕訳入力にしてしまいました。この場合、初めから元帳入力をする必要がありますか？

必要ございません。
各種入力で登録した仕訳データは各種出力帳票、青色申告決算書、所得税申告書に反映されます。
 
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