給与明細入力で、有給日数に入力したものは、基本給には反映されますか？

基本給には反映されませんが、別項目として有給日数を参照する支給項目を作成できます。
あくまで参考用の一例ですが、下記のように設定すると反映されます。

①「基本情報設定」⇒「給与項目」をクリックします。

②［支給項目］で［新規追加］をクリックします。

・「給与項目/支給項目登録」画面が表示されます。

・各項目の入力、設定をします。
属性区分を変動、計算方式は従業員の「給与情報の金額 ÷ 1 × 有給日数」

③「基本情報設定」⇒「支給項目」をクリックします。

・［+ 追加］ボタンをクリックして ② の支給項目を選択します。

・［保存］ボタンをクリックします。

④「従業員設定」⇒「給与情報」をクリックします。

・従業員を選択し、［支給金額設定］をクリックします。

・「支給金額設定」ポップアップ画面が表示されますので、②の支給項目に金額を入力します。

・［保存］ボタンをクリックします。

・「給与情報」画面が再度表示されますので、画面を下までスクロールして［保存］ボタンをクリックします。

⑤「給与明細入力」画面（新規）で有給日数を入力します。

・ ② と ④で設定された内容をもとに支給額が表示されます。